Nato nella diocesi di Ariano Irpino-Lacedonia, entra nella congregazione dei Salesiani il 25 settembre 1949, prendendo in seguito i voti perpetui il 25 settembre 1954.
Studia al Pontificio Ateneo Salesiano di Torino fino al 1958, quando ottiene la licenza in Teologia presso la facoltà omonima; sempre nello stesso anno diventa sacerdote.
Si iscrive quindi alla Pontificia Università Gregoriana, dalla quale esce nel 1965 con la laurea in Storia Ecclesiastica; si trasferisce quindi in Germania per tre anni, a Friburgo e Bonn, dove si specializza come borsista della Fondazione tedesca "Humboldt"; torna quindi alla Pontificia Università Salesiana a Roma, dove inizia ad insegnare Storia della chiesa antica e metodologia nella Facoltà di Teologia
Viene nominato decano della facoltà stessa per il biennio 1972-1974
e quindi rettore dell’Università, carica che mantiene dal 1977 al 1983. Nel 1978 viene nominato anche regolatore del Capitolo Generale 21 dall’allora rettor maggiore padre Egidio Viganò.
Lo stesso anno diventa segretario del Pontificio Comitato di Scienze Storiche (lo sarà fino al 1988); per sei anni sarà anche sottosegretario del Pontificio Consiglio della Cultura.
Nel 1992 viene nominato per la seconda volta rettore dell’Università Salesiana a Roma, carica che mantiene fino al 25 maggio 1997, quando papa Giovanni Paolo II lo richiama in Vaticano nominandolo prefetto della Biblioteca Apostolica Vaticana. Da allora svolge un’intensa attività di raccolta, esegesi e studio di numerosi e rari testi. Eminente figura anche sul piano gnoseologico, oltre che morale ed etico, si dedica in particolar modo ad una revisione delle azioni della vicenda riguardante il suo ben più noto omonimo e San Carlo.
Il 16 dicembre 2006 papa Benedetto XVI lo nomina vescovo, assegnandogli la sede titolare di Oderzo rimasta vacante dopo la morte di mons. Charles Franzetta. Il 25 giugno 2007 è stato elevato alla dignità arcivescovile e nel contempo nominato archivista e bibliotecario di Santa Romana Chiesa. L’8 ottobre 2007 compie la sua prima visita a Oderzo.
È creato cardinale nel concistoro del 24 novembre 2007 da papa Benedetto XVI, ricevendo la diaconia di San Giovanni della Pigna.
Il 9 giugno 2012 papa Benedetto XVI accoglie la sua rinuncia, per limiti di età, agli incarichi di archivista e bibliotecario di Santa Romana Chiesa. Gli succede l’arcivescovo francese Jean-Louis Bruguès.